Posteriormente, en 1943 se realizó una segunda fundación. Su primera aparición oficial en el campeonato colombiano fue frente al Atlético Junior en Barranquilla, el 15 de agosto de 1948. Desde entonces, el Deportivo Cali ha sido siempre protagonista en las finales de la liga nacional, ganándola en ocho oportunidades: 1965, 1967, 1969, 1970, 1974, 1996, 1998, 2005/II.

Deportivo Cali fue además el primer equipo colombiano en alcanzar la final del máximo torneo continental, La Copa Libertadores de América; final que perdió frente a Boca Juniors de Argentina en 1978. Posteriormente, en 1999 consiguió de nuevo llegar a la final, en esta ocasión perdiendo contra Palmeiras EC de Brasil por definición desde los doce pasos.

Actualmente el Deportivo Cali es el equipo colombiano más sólido a nivel estructural y económico, y se encuentra terminando su propio Complejo Deportivo, que contendrá Estadio y Centro Comercial, localizado al norte de la Ciudad de Santiago de Cali, próximo al municipio de Palmira. Es de destacar que el Deportivo Cali es el primer equipo colombiano en construir estadio propio. Su inauguración se prevee para principios de 2007.